Hodnoty Koordinačních center česko-německých výměn mládeže vychází z hodnotového zakotvení západoevropské mezinárodní práce s mládeží po druhé světové válce. Základní prvky jsou především: porozumění mezi národy, podpora tolerance, odbourávání předsudků a jednání se sousedy s respektem a s cílem vytvářet dobré sousedství. Nové možnosti spolupráce mezi oběma zeměmi od roku 1989 jsou úzce spjaty s hodnotami evropské integrace.

Koordinační centra podporují přeshraniční kontakty mezi mladými lidmi z obou zemí a zasazují se o interkulturní učení prostřednictvím vědomé práce s diverzitou ve vzdělávání. Aktéry jsou pro ně mladí lidé z obou zemí, jejichž občanská participace je vlastní hodnotou, podobně jako podpora demokracie a občanské společnosti. Mladým lidem z obou zemí mají být zpřístupněny možnosti a příležitosti, vzájemné sbližování má probíhat participativními formami, a mladí lidé se mají zasazovat vůči diskriminaci menšin. Koordinační centra podporují participaci a silnou občanskou společnost.

V práci s mládeží má být zvýšena atraktivita sousední země a sousedního jazyka, a to především s cílem navázat nová přátelství. Koordinační centra přitom nechtějí opomenout žádnou skupinu mladých lidí. Otevřenost vůči novému, kreativita a zodpovědnost mají vzájemné kontakty umožnit a vzbudit chuť na spolupráci.